Programme scientifique

Pre-requis

Les participants doivent avoir une bonne connaissance du logiciel R de statistiques (e.g. manipuler des données formattées et effectuer des calculs simples). Ils devront apporter leur propre ordinateur protable et avoir installé le logiciel RStudio (http://www.rstudio.com/) et le package R mixOmics.

Sujets couverts

1. Les méthodologies clefs de mixomics et leurs variantes

          A. Exploration d'un jeu de données et comment estimer les valeurs manquantes

          B. Identification de biomarqueurs pour discriminer different groupes de données

          C. Integration de deux jeux de données et identification de biomarqueurs

          D. Mise en oeuvre de répétitions biologiques

          E. Introductionà l'integration de plus de deux jeux de données

2. lLs sorties graphiques de mixOmics

          A. Représentation graphique des données d'un échantillon

          B. Représentation graphique en vue de l'intégration de données

          C. Autres sorties graphiques utiles

3. Etude de cas et applications

Les concepts statistiques suivants seront introduits : covariance et correlation, régression linéaire multiple, classification et prédiction, validation croisée, sélection de biomarqueurs, pénalités l₁ et l₂ dans un réseau de régression. Chaque méthodologie sera illustrée par un cas concret (théorie et applications alterneront).

Il est à noter que mixOmics ne se limite pas aux données biologiques et peut être appliqué à d'autres types de données lorsqu'une étape d'intégration est requise.